马家浜遗址位于嘉兴城西南7公里的嘉兴经济开发区西南新区三河交叉的平原地带，北临九里港，西有坟屋浜，南靠马家浜。现探明总面积约4万平方米。

1959年春，当地村民在此沤肥挖坑时发现大量兽骨和古代遗物。3月间，浙江省文物考古委员会与省博物馆、杭州大学历史系、杭州师范学院历史系等六个单位组成考古队对此进行发掘，共开坑5个计213平方米。从出土的器物和遗迹看，生产工具中的磨制有孔石斧、弧背石锛，生活用具中的夹砂红陶素面腰沿釜、牛鼻式双耳罐、带嘴平底盉，以及地面木构建筑住房、公共墓地和俯身直肢葬式等等，是与黄河流域文化不同的文化形态。年代跨度距今约7000－6000年。

遗址的发现，引起了国内外考古界的重视。1959年5月，新华社发消息，《中华人民共和国要事录》和《二十世纪中国大事全书》也将此事载入。此后，文物考古界对马家浜类型文化的归属展开了学术讨论。1977年11月，在南京召开的长江下游新石器时期学术讨论会上，夏鼐等考古学家提出，长江流域和黄河流域同是中华民族文化摇篮，并确认以嘉兴马家浜遗址为代表的马家浜文化是长江下游、太湖流域新石器时期早期文化的代表。从此，马家浜文化正式定名，并载入《大不列颠百科全书》和1990年出版的《中国大百科全书？考古卷》，确立了它在史前文化中的地位。

2009年12月，在嘉兴召开的马家浜文化国际学术研讨会上，张忠培等专家学者认为，在坚持夏鼐等老一辈考古学家论断的基础上，可以进一步明确马家浜文化是“江南文化主根”这一地位。

2001年6月，公布为第五批全国重点文物保护单位。