云岫庵位于南北湖风景区内海拨150米的鹰窠顶山腰上，东临杭州湾，北对南北湖。庵始建于北宋建隆（公元960年—963年）年间，曾屡毁屡建。庵名出自东晋诗人陶渊明《归去来兮辞》中的“云无心已出岫，鸟倦飞而知还”。

现庵内金刚殿为清光绪二年（1876）重建，1983年重修。后又重建观音殿、东西配殿等。现占地面积7000平方米，建筑面积1000多平方米。庵内建筑依山势而建，高低有致，有山门、观音殿、金刚殿、东西配殿、藏经阁、古戏台等建筑及生活设施用房。主轴线上的三座主要建筑虽均为单体，但形成了一殿高过一殿的建筑特色。庵前有明代古银杏树一株，庵内有泉，终年不竭，名“雪窦泉”。

云岫庵历史悠久，是海盐县仅存的两座寺庙建筑之一，历代文人学者在浏览南北湖后都留下了对云岫庵的记载。

2005年3月，公布为第五批浙江省文物保护单位。